这里说的膜污染指的是膜反应器在运行过程中所产生的增加膜阻力，造成膜处理效率低的原因。如废水中的微粒、胶体粒子或溶质分子在膜表面沉淀、积累或在膜孔内吸附，堵塞膜孔。
那么，我们可以从哪些方面对膜污染进行防治呢？
1.从膜材料选择上。
膜上污染物的存在是由于膜、溶剂、污染物之间相互作用的结果，除此之外膜表面性质和膜孔径等因素也会造成影响。因此，根据污染物选择膜材料可以有效地降低污染物对膜的损害。
选择膜材料可以通过污水中的污染物所带电荷与膜材料的亲疏水性、机械强度、荷电性能、耐化学清洗性能及表面粗糙度等指标进行对比选择。
2.优化膜清洗工艺
膜清洗法从基本上可以分为物理清洗和化学清洗。物理法通常是使用超声波、气水反冲洗和空气反吹洗等方式进行清洗，但容易造成膜损伤。而化学清洗法则是利用酸碱和氧化剂对膜进行清洗，这种方法作用明显，但存在二次污染的弊端。因此，在初阶应用中，通常是将两者结合起来使用。
3.膜污染清洗剂的选择
膜清洗剂的选择规则一般为：有机物用碱、无机物用酸、微生物用氧化剂，且多采用多种药液轮流清洗。当膜污染严重时，酸、碱及氧化剂的轮流反复清洗也成为有效的手段，而采用专用膜清洗剂和专业的清洗方法，会使清洗的效果更加显著。