有几种不同的膜清洁方法，例如向前冲洗，向后冲洗和空气冲洗。

·进行正向冲洗时，用给水冲洗膜或向前渗透。进料水或渗透液比生产阶段流过系统的速度更快。由于更快速的流动和由此产生的湍流，被膜吸收的颗粒被释放和排出。被膜孔吸收的颗粒不会释放。这些颗粒只能通过向后冲洗除去。

·向后冲洗是反向过滤过程。渗透液在压力下被冲洗通过系统的进水侧，施加了过滤期间使用的两倍的通量。当助焊剂在反冲洗后仍未充分恢复自身状态时，可采用化学清洁工艺。

·在化学清洁过程中，用氯漂白剂，盐酸或过氧化氢溶液浸泡膜。首先将溶液浸入膜中几分钟，然后再进行正向冲洗或反向冲洗，从而将污染物冲洗掉。

·较新的清洁方法是所谓的空气冲洗或空气/水冲洗。这是前冲，在此期间将空气注入供应管中。由于使用了空气（而水速保持不变），因此产生了更加紊乱的清洁系统。

前冲

在膜上进行正向冲洗时，将打开负责死角管理的屏障。同时，膜暂时进行错流过滤，而不会产生渗透物。
前冲的目的是通过产生湍流来去除膜上的一层结构污染物。在前向冲洗期间，液压压力梯度较高。

向后冲洗

当向后冲洗时，膜的孔由内向外冲洗。膜的渗透侧上的压力高于膜内的压力，从而导致孔被清洁。向后冲洗是在回弹力大于生产压力2.5倍的压力下执行的。
渗透液始终用于向后冲洗，因为渗透液室必须始终无传染性。向后冲洗的结果是过程恢复的减少。因此，向后冲洗必须占用最短的时间。但是，冲洗必须保持足够长的时间，以至少完全冲洗一次模块的体积。

空气冲洗或空气/水冲洗

在向后冲洗过程中，需要尽可能有效地去除膜表面的污垢。事实证明，Nuon与DHV和X-flow合作开发的所谓的空气冲洗对执行此过程非常有用。使用空气冲洗意味着用空气/水混合物冲洗膜的内部。
在空气冲洗过程中，将空气添加到前冲洗中，从而导致形成气泡，从而引起较高的湍流。由于这种湍流，结垢被从膜表面去除。
与正向冲洗相比，空气冲洗的好处是在清洁过程中使用较小的泵送能力。

化学清洗

当上述清洁方法不能有效地将通量降低到可接受的水平时，需要化学清洁膜。
在化学清洗过程中，在反向冲洗过程中，将化学药品（例如氯化氢（HCl）和硝酸（HNO 3））或消毒剂（例如过氧化氢（H 2 O 2））添加到渗透液中。整个模块中充满渗透液后，就需要将化学药品吸收。清洁化学药品完全吸收后，冲洗模块并最终重新投入生产