当反渗透的系统在运行过程当中，会出现一定的溶解物质以及悬浮物质，这些物质或多或少会对膜以及系统造成一定的污染，如果不及时清洗还会对系统造成严重的破坏，所以尽可能使用膜清洗剂定期对膜进行一定的维护才能使膜达到最佳的处理状态。
在膜清洗的种类当中可大体分为物理清洗与化学清洗，了解污染物的种类及如何污染才能够准确的对膜元件的性能进行恢复。物理清洗主要是采用低压大流量的进水冲洗膜的表面，从而洗掉堆积物及其他的污染物。冲洗时对水的流速有着较高的要求，略低可能会难以有效清洗，而过高就会造成膜损伤的。
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所以化学清洗是当前既能保护膜又能高效清洗的一种较为流行的方式。化学清洗对药剂有着一定的要求，不同的污染物有着与之相对应的清洗剂。由于膜所受到的污染不是单一的，所以在选择膜清洗剂时应该分为酸性清洗和碱性清洗两大步骤。对清洗而言，如果清洗顺序不当或清洗剂选择不当可能对污染进行进一步的恶化。