MBR技术处理工业废水在工业废水处理中应用广泛，它通常和生化单元连用，是生化处理的后端保障，也是回用水在反渗透膜前段的预处理。MBＲ处理受多种因素影响，通常有以下三方面：
1.膜系统的操作条件
膜系统的操作条件就是要维持膜的通透性能，保证其运行效果，同时要控制膜污染，及时进行膜清洗。 MBR 系统的最佳运行条件需现场根据实际情况进行摸索，如曝气强度为 0.2-0.5m3 /(m2·h) ，最佳抽停时间比为 3:1-5∶1 时，MBＲ膜运行效果最好，膜污染程度最小。
2.原水水质条件
在进入MBR反应池前，各类废水需要进行预处理，使原水的水质条件达到 MBR 反应池处理的标准。预处理的本质是提高废水的可生化性，为后续的MBR反应池创造最佳条件。
3.膜污染及清洗技术
膜污染是指膜与溶液中的颗粒、溶质大分子或胶体、微生物或者难溶盐等物质接触，在物理、化学、机械等作用下，截留污染成分的同时，膜表面污染物聚集，膜孔孔径变小甚至堵塞，导致MBＲ膜系统产水量下降、分离性能变差的现象。
目前解决膜污染的途径主要有以下几个方面：
3.1 开发耐污染膜材料，很多学者才去各种修饰手段来改变膜表面特性如亲水性，引入纳米粒子提升膜的抗菌性等。
3.2预处理工艺优化，在生化处理工艺前，选择合适的预处理工艺，对容易造成膜污染的成分，在进入膜生物反应器前就去除，可以有效减缓膜污染的速率。
3.3在膜材料和预处理工艺一定的前提下，如果发生了膜污染，通常要进行物理或化学的清洗。膜清洗目的是消除膜污染并恢复膜的通透性能。理想的膜清洗技术，不仅能够有效去除膜表面的污染物，而且作用条件温和，在恢复和维持膜的通透性能的同时，不会降低膜处理效果。
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